Ja, CM bedeutet, dass man seinem Handy bereits Root verpasst hat.
Deine vorgeschlagene App ist toll, für den reinen Zweck aber schon zu viel.
Mit Root lässt sich unter 4.4 das SD-Karten-Problem mit einem simplen Fix (Zugriffsrechte) durchführen, den diese App z.B. bereitstellt https://play.google.com/store/apps/details?id=nextapp.sdfix&hl=de
App-Berechtigungen können mit App Ops geregelt werden https://play.google.com/store/apps/details?id=com.findsdk.apppermission&hl=de. Auch hier ist Root Voraussetzung.