Inbusschlüssel in allen nötigen Größen und in einer Bauform um an wirklich alle nötigen Stellen am Rad ran kommen zu können, sehe ich nicht. Hast du aber bestimmt auf dem Schirm?

Wenn ihr zwei nahezu gleiche Räder habt, ist das von Vorteil, da könnt ihr Ersatzteile sparen. Dass bestimmte Komponenten an beiden Rädern gleichzeitig ausfallen, ist sehr unwahrscheinlich.
Bremsbeläge würde ich z.B. wenn sinnvoll komplett neu machen und dann ein (!) Ersatzpack (für beide Räder zusammen) mitnehmen. Die installierten Beläge sollten doch hoffentlich für die gesamte Tour reichen. Falls wider Erwarten der Verschleiß doch vor Tourende kommt, halt entsprechend früh mal planen, wo sich in Marokko Ersatz findet. Oder halt bremsbelagsparend fahren. Auf jeden Fall sollten nicht mehrere Bremsen gleichzeitig und ohne Vorankündigung ausfallen.

Mit der Pannenbehebung bei Tubeless kenne ich mich nicht aus. Was, wenn die Fluggesellschaft drauf besteht, bei beiden Rädern die Luft komplett abzulassen? Bekommt ihr das mit zwei Schläuchen und Minipumpen dann wieder betriebsfertig?

Ihr habt Kettenantrieb? Da würde ich vor Abfahrt unbedingt noch mal den Verschleißzustand prüfen, gegebenenfalls vorher neue Kassette oder gar Kettenblätter aufziehen. Und neue Kette.
Ersatzkette hatte ich früher teilweise dabei, halte ich aber in den meisten Fällen für nicht nötig. Einfach die Erfahrungswerte einfließen lassen, wie weit man mit einer Kette hin kommt. Mit teilverschlissenem Material muss man natürlich anders planen, als wenn die Verbrauchskomponenten alle frisch sind.
Schadet auch nicht vor der Tour den Wartungsstellen (Lager in Naben, Tretlager, Steuerrohr) Aufmerksamkeit zu widmen. Das besser aber nicht unmittelbar vor Abflug machen, sondern noch ein paar Proberunden drehen. Hat man beim Zusammenbau ein Teil vergessen, zu lose angezogen oder einen sonstigen Fehler begangen, fällt das da auf und kann noch behoben werden.