Ich kann das nur bedingt nachempfinden. Ich habe früher auch häufiger Ruhetage eingebaut, um dann noch was aus der Umgebung einzubauen. Das geht aber genauso in einer laufende Tour. Die Tage sind dann ggf. kürzer, z.B. wenn man eine Klamm besucht. Es kommt auch vor, dass ich mich dann von letzten Standort nur gering wegebewege, aber ich bin halt ein Stück weiter. Durch Wettereinbrüche kann das sogar erzwungen sein. Ich habe auch schon "Tagesetappen" von unter 30 km gehabt, sogar um die 15 km.

Die Frage ist ferner, ob Hotel oder Camping. Ich wüsste jetzt nicht, inwiefern das Zusammenpacken aus dem Hotel so umständlich sein soll. Du hast ja dann ehe wenig Gepäck. Zeltauf- und -abbau ist schon mehr. Trotzdem habe ich mich daran gewöhnt. Sofern ich Sehnsucht nach einem festen Standort hätte, wären das ganz andere Gründe, die nichts mit Radeln oder Packen zu tun haben. Ferner kommt nach mehreren Tagen an einem Standort eher Unordnung im Zelt auf, sodass das Zusammenpacken schwieriger wird, als wenn man die tägliche Abfahrbereitschaft herstellen muss.

Das ist ja von der Art der Tour unabhängig und hat eigentlich jeder, der ungünstig zu den Alpen wohnt. Die einzige Problemlösung sehe ich da im Studieren der Fahrpläne. Nicht jeder Regionalzug bummelt. Ferner ist Umsteigen mit der Bahn nicht unbedingt das große Problem, eher die Unzuverlässigkeit von Zügen in Deutschland. In der Schweiz klappen z.B. auch wenige Minuten als Umstiegspuffer. Wenn es ganz ungüsntig läuft, kann man auch einen Zwsichenstopp einlegen und die Fahrzeiten auf zwei Tage verteilen.

Das ist ja Teil deiner persönlichen Planung und hier keine Frage, die man dir beantworten kann. Dopplungen von Strecken oder Pässen sind auch kein Verbrechen. In vielen Fällen erlebt man die Strecken ganz neu. Ich bin zahlreiche Alpenpässe auch mehrfach geradelt, teils willentlich, teils auch einfach, weil ein Nadelöhr und für meine neue Route unvermeidbar. Bereut habe ich das nie. Zuhause fährt man ja seine Tagesstrecke auch nicht einmal, sondern ggf. hundertfach über die Jahre hinweg. Und in jedem Jahr, mit jedem Frühling wirkt doch alles irgendwie wieder neu.

Überlaufen oder nicht ist immer etwas relativ zu dem jeweiligen Zeitpunkt der Reise. Klassiker vie Stelvio wirst du kaum einsam auffahren können. Am Königssee ist es vielleicht überlaufen, aber ein paar Schritte Wanderweg abseits ist vielleicht schon wieder ganz ruhig. Kann auch sein, dass du in eine Motorradkolonne an einem der Päse gelangst, der nächste fährt um ein paar Stunden versetzt quasi ohne Verkehr. Ich habe schon alles mitgemacht und so wirkliche Ärgernisauffahrten sind nur wenige zusammengekommen, bin allerdings auch etwas resilient gegenüber größerem Betrieb. Du fährst ja in Gegenden, wo eben auch andere hinwollen.

Wenn du pure Einsamkeit suchst, müsstest du schon andere Gegenden aufsuchen. Das einzeln durchzuspielen halte ich nicht wirkklich für sinnvoll. Wenn du zu Saisonzeiten unterwegs bist, solltest du halt wissen, das zentrale Orte mit vielen Variationsmöglichkeiten umher auch begehrte Übernachtungorte sind, wo ggf. alles früh ausgebucht ist, falls es Hotels sein sollen. Kann allerdings in den Ostalpen aber auf Campings auch mal sehr eng werden, am Kalterer See wäre ich mal fast gescheitert noch ein Platz zu finden.
Ich denke, das Konzept ein paar Standorte mit vielen Ausfahrten und weiter hüpfen wird am meisten von Rennradlern benutzt, die aber dann zum Hüpfen ein Auto nehmen. Frage nach besten Standort für viele Pässe oder Hotelangebooten finden sich zu Hauf in Rennradgruppen. Letztlich kannst du das aber besser selbst dir beantworten, weil du schon die Gegenden etwas kennst. Der Blick auf eine gute Karte würde ohenhin viel Fragen erübrigen. Weiters könntest du auch eine Veranstalter buchen, quaeldich.de macht z.B. solche Hüpftpouren mit mehreren Standorten.