Hallo Christine,
wie Velo 68 schon schrieb, erfolgt bei den Linien Mulhouse-Paris und Straßburg-Paris die Reservierung des Fahrradplatzes zusammen mit der Buchung des Tickets für die Person auf sncf-connect.com bzw. in der sncf-connect-App und kostet dort 3€. Ausserdem gibt es die Seite maplaceabord.com, wo man ohne Ticket einen Fahrradplatz buchen kann. Das ist in erster Linie für Pendler mit Monatskarte gedacht, könnte aber nach meinem Verständnis auch genutzt werden, um Fahrradreservierung und Ticketkauf separat zu erledigen. Ich kann mir kaum vorstellen, wie man es verwirrender gestalten könnte.
Ich würde beim TER generell das Ticket erst so spät wie möglich kaufen. Nicht selten fallen TERs aus, z.B. wegen Streik oder Personalmangel. Mir ist das mal in Mulhouse passiert, als ich dort nach Paris fahren wollte. Zunächst hieß es, Zug fällt aus, weil der Fahrer seinen Dienst verspätet antritt. Nach zwei Stunden wurde der Zug endgültig abgesagt. Seither buche ich immer erst, wenn der Zug abfahrbereit ist und Platz für das Fahrrad ist. Das ist zwar nicht ganz unkritisch, da die Buchung mit der App eine gewisse Zeit dauert und die SNCF gerne mal beim Einsteigen kontrolliert, aber bisher ging das gut. In der Region Okzitanien nutze ich ohnehin das Fairtiq-System, bei dem man beim Einstieg über die App ein- und beim Aussteigen wieder ausbucht. Da kann nichts passieren, da die Abrechung über den Standort bei der Ein- und Ausbuchung erfolgt.